基孔肯雅热与疟疾的传播蚊子不完全相同，但存在部分重叠。基孔肯雅热主要由白纹伊蚊和埃及伊蚊传播，疟疾则主要由按蚊传播。
基孔肯雅热的传播媒介以白纹伊蚊和埃及伊蚊为主，这类蚊子偏好白天活动，常见于城市及周边地区。它们通过叮咬感染者后再次叮咬健康人群实现病毒传播。白纹伊蚊在我国南方地区分布较广，埃及伊蚊则主要存在于热带及亚热带区域。这两种蚊子的繁殖环境多为小型积水容器，如花盆、轮胎等人工容器。
疟疾的传播主要通过按蚊完成，这类蚊子多在黄昏和夜间活动，栖息于农村地区的稻田、沼泽等自然水体周边。按蚊叮咬疟疾患者后，疟原虫在蚊体内发育成熟，再通过叮咬传播给他人。我国常见的传疟按蚊包括中华按蚊、嗜人按蚊等，其分布与气候条件密切相关。
预防两类疾病均需采取防蚊措施，包括使用蚊帐、驱蚊剂，清除积水容器。出现发热、关节痛或周期性寒战高热等症状时需及时就医，并告知医生旅行史和蚊虫接触史。不同蚊媒的生态习性差异决定了防控策略需因地制宜。
