基孔肯雅病毒的潜伏期一般为2-12天，多数患者在3-7天内出现症状。
基孔肯雅病毒通过蚊虫叮咬传播，感染后病毒在人体内繁殖需要一定时间才会引发临床症状。潜伏期的长短与个体免疫状态、病毒载量等因素有关。3-7天是临床观察到的常见发病窗口期，部分患者可能在接触病毒后2天内快速出现发热、关节痛等典型症状，也有少数感染者潜伏期延长至12天。潜伏期内患者通常无传染性，但病毒已在体内复制，血液中可检测到病毒RNA。发病前1-2天至发病后5-6天为病毒血症期，此阶段蚊虫叮咬患者后可获得传染性。儿童、老年人及慢性病患者可能出现更严重的临床症状。目前尚无特效抗病毒药物，治疗以对症支持为主。
预防基孔肯雅病毒感染需注意防蚊灭蚊，在流行地区穿着长袖衣物，使用驱蚊剂，清除积水容器等蚊虫孳生地。出现突发高热、关节剧痛等症状时应及时就医，避免剧烈运动加重关节损伤。恢复期患者可能出现持续数月的关节僵硬或疼痛，可进行适度康复锻炼。
