新生儿感染基孔肯雅热的风险相对较低，但一旦感染可能引发严重并发症。基孔肯雅热主要通过蚊虫叮咬传播，新生儿感染多与母婴垂直传播或周围环境蚊媒密度高有关。
新生儿免疫系统发育不完善，感染基孔肯雅病毒后可能出现发热、皮疹、关节疼痛等典型症状，部分患儿会进展为神经系统并发症如脑膜炎或脑炎。早产儿或低出生体重儿因抵抗力更弱，病情加重的概率更高。流行地区孕期母亲感染病毒时，胎儿通过胎盘感染的风险约为30-50％，但多数新生儿症状较轻。若居住地蚊媒活跃或存在疫情暴发，需加强防蚊措施降低暴露风险。
新生儿感染基孔肯雅热后可能出现非特异性表现如喂养困难、嗜睡或易激惹，易被误诊为其他新生儿感染性疾病。极少数患儿会因血小板减少导致出血倾向，或心肌炎引发循环衰竭。目前尚无针对该病毒的特效抗病毒药物，治疗以对症支持为主，如补液、退热及密切监测生命体征。重症患儿可能需要重症监护治疗。
建议家长避免带新生儿前往疫区，居家使用蚊帐、驱蚊剂等防护措施。若出现持续发热、皮肤瘀斑或抽搐等症状，须立即就医。哺乳期母亲感染后仍可继续母乳喂养，但需注意防止蚊虫叮咬传播病毒。
