隔夜的菊花茶如果没有变质，一般可以饮用。如果出现异味、变色或浑浊，通常不建议继续饮用。菊花茶含有黄酮类物质，长时间存放可能氧化导致营养价值下降。
菊花茶隔夜后若密封冷藏保存，未出现明显变质迹象，饮用风险较低。茶汤中的活性成分如绿原酸会随时间降解，但不会产生有害物质。夏季高温环境下建议12小时内饮用完毕，冬季室温可延长至24小时。玻璃或陶瓷容器比塑料更利于保持茶汤品质，避免金属容器以防氧化反应。
菊花茶变质时会出现絮状沉淀、酸败气味或颜色发暗，可能滋生细菌或霉菌。胃肠敏感人群饮用后易引发腹痛腹泻。使用蜂蜜调味的隔夜茶更易滋生微生物，糖尿病患者需特别注意。反复加热的隔夜茶会导致芳香物质挥发，并加速营养成分破坏。
建议每次冲泡菊花茶量控制在4-6小时内能饮完的量，使用80-90℃热水冲泡可减少微生物初始污染。饮用前观察茶汤澄清度，轻微沉淀属菊苷正常析出现象。胃肠功能较弱者及孕妇儿童群体，尽量饮用现泡菊花茶。储存时须远离潮湿环境，避免与其他气味强烈的食物共存放置。
