眼药水一般建议滴在下眼睑结膜囊内，而非直接滴在眼角或眼球表面。正确操作可减少刺激并提高药物吸收效率。
滴眼药水时需清洁双手，头部后仰并用食指轻拉下眼睑形成囊袋状，将药瓶悬空于眼睛上方1-2厘米处，滴入1-2滴至结膜囊内。滴完后闭眼1-2分钟，用手指轻压内眼角鼻泪管处防止药物流失。直接滴在眼球角膜可能引发反射性闭眼导致药液外溢，而滴在眼角可能因药液无法充分接触眼表而影响疗效。部分刺激性药物若接触角膜敏感神经末梢，可能产生明显刺痛感。
使用眼药水前应检查药液是否浑浊沉淀，开封后超过4周不宜继续使用。多种眼药水联用时需间隔5-10分钟，凝胶剂型应最后使用。佩戴隐形眼镜者需遵医嘱决定用药与佩戴时间间隔。若出现持续眼红、肿胀或视力模糊等异常反应，应立即停用并就医。
