胃窦炎合并食道炎可通过抑酸药物、胃黏膜保护剂、促胃肠动力药及抗生素治疗，严重时需静脉注射质子泵抑制剂或H2受体拮抗剂。常用药物有奥美拉唑、铝碳酸镁、多潘立酮、阿莫西林等。
奥美拉唑通过抑制胃酸分泌缓解炎症，适用于反酸烧心症状。雷贝拉唑作用更快更持久，可减少夜间酸突破。埃索美拉唑对质子泵选择性更高，抑酸效果更强。
铝碳酸镁中和胃酸并在溃疡面形成保护层。硫糖铝能与炎症部位蛋白质结合形成屏障。枸橼酸铋钾可杀灭幽门螺杆菌并促进黏液分泌。
多潘立酮增强食管下括约肌张力减少反流。莫沙必利通过5-HT4受体加速胃排空。伊托必利具有双向调节作用改善腹胀呕吐。
阿莫西林联合克拉霉素用于幽门螺杆菌根除。甲硝唑适用于耐药菌株感染。四环素类药物可用于青霉素过敏患者。
治疗期间避免辛辣刺激食物，少食多餐，餐后保持直立位。静脉用药需在医生监护下进行，通常选用泮托拉唑针剂或法莫替丁注射液控制急性症状。
