五羟色胺主要用于治疗抑郁症、焦虑症、强迫症等精神心理疾病，也可用于缓解偏头痛和肠易激综合征。五羟色胺相关药物主要有选择性五羟色胺再摄取抑制剂、五羟色胺和去甲肾上腺素再摄取抑制剂、五羟色胺受体激动剂等类型。
五羟色胺水平低下可能导致情绪低落、兴趣减退等症状。常用药物包括舍曲林、氟西汀、帕罗西汀等，通过增加突触间隙五羟色胺浓度改善抑郁症状。
五羟色胺系统功能紊乱与广泛性焦虑、惊恐发作有关。艾司西酞普兰、文拉法辛等药物可调节五羟色胺传递，减轻过度担忧和躯体化症状。
五羟色胺能神经递质异常与强迫思维和行为相关。氟伏沙明、氯米帕明等药物需持续使用较长时间才能显效，可减少重复行为和侵入性思维。
五羟色胺受体激动剂如舒马普坦能收缩扩张的脑血管，缓解发作期头痛。这类药物对伴随恶心、畏光的偏头痛效果显著。
使用五羟色胺相关药物需严格遵医嘱，避免突然停药。治疗期间建议保持规律作息，适当补充富含色氨酸的食物如牛奶、香蕉等。
