益智仁具有温脾止泻、暖肾固精、开胃摄唾等功效，主要用于脾虚泄泻、肾虚遗精、唾液过多等症状，可遵医嘱使用益智仁配伍的中成药如缩泉丸、固精丸、健脾丸等。
益智仁能温补脾阳，改善脾胃虚寒导致的慢性腹泻，常与补骨脂、肉豆蔻等配伍。对应中成药包括附子理中丸、四神丸等。
对肾阳虚引起的遗精滑精、夜尿频多有效，多与桑螵蛸、金樱子同用。临床常用金锁固精丸、五子衍宗丸等制剂。
适用于脾肾阳虚所致的唾液分泌异常增多，常配五味子、乌梅。相关方剂有香砂六君丸等。
现代研究显示其挥发油成分对胃肠功能紊乱有一定调节作用，但须在中医辨证指导下使用。
使用益智仁需注意阴虚火旺者忌服，建议在中医师指导下辨证用药，避免与寒凉药物同用，服药期间保持规律作息。
