卡氏肺孢子虫肺炎可能由免疫缺陷、长期使用免疫抑制剂、HIV感染、早产或营养不良等原因引起，可通过抗微生物治疗、氧疗、糖皮质激素辅助、免疫重建等方式治疗。
先天性或获得性免疫缺陷导致肺孢子虫过度增殖，表现为干咳和发热。治疗需使用复方磺胺甲噁唑、喷他脒、克林霉素等药物，同时进行免疫球蛋白替代治疗。
器官移植后使用环孢素等药物可能抑制T细胞功能，引发进行性呼吸困难。需调整免疫抑制方案，联合使用阿托伐醌或三甲曲沙进行病原治疗。
CD4细胞计数低于200/μL时易发，典型症状为活动后气促。需启动高效抗逆转录病毒治疗，配合氨苯砜或伯氨喹进行预防性用药。
早产儿肺表面活性物质缺乏易继发感染，出现呼吸窘迫。需给予肺表面活性物质替代治疗，严重时采用卡泊芬净或棘白菌素类抗真菌药物。
保持均衡营养摄入优质蛋白，避免接触鸽粪等可能携带病原体的环境，免疫功能低下时应定期进行胸部影像学筛查。
