卡氏肺孢子虫肺炎需与细菌性肺炎、病毒性肺炎、肺结核、肺真菌感染等疾病鉴别诊断。
1、细菌性肺炎：常见病原体为肺炎链球菌或流感嗜血杆菌，起病急骤，表现为高热、脓痰，胸部X线可见肺叶实变影，血常规显示中性粒细胞升高。
2、病毒性肺炎：多由流感病毒或呼吸道合胞病毒引起，症状以干咳、低热为主，肺部听诊可闻及湿啰音，CT显示磨玻璃样改变，白细胞计数正常或偏低。
3、肺结核：结核分枝杆菌感染导致，典型表现为午后低热、盗汗、消瘦，胸部影像可见上叶尖后段病变，痰抗酸染色可找到结核杆菌。
4、肺真菌感染：多见于免疫功能低下者，影像学可见结节伴晕征或空洞形成，血清学检查如半乳甘露聚糖抗原检测有助于诊断曲霉菌感染。
确诊需结合临床表现、影像学特征和实验室检查，免疫功能低下患者出现进行性呼吸困难时应高度怀疑本病，支气管肺泡灌洗液六胺银染色检出肺孢子虫可确诊。
