清胃黄连丸具有清热泻火、解毒消肿的功效，主要用于胃火炽盛引起的口舌生疮、牙龈肿痛、咽喉肿痛等症状。
清胃黄连丸中的黄连、黄芩等成分能清泄胃火，适用于胃火上炎导致的口干口苦、舌红苔黄。胃火旺盛时可能伴随反酸烧心、食欲亢进，需配合饮食清淡。同类中成药包括黄连上清片、牛黄清胃丸等，使用前需排除脾胃虚寒证。
该药所含连翘、栀子可凉血解毒，对胃热引发的牙龈化脓、扁桃体红肿有效。症状严重时可能出现颌下淋巴结肿大，需与抗生素联用。相关制剂如栀子金花丸、清热解毒口服液也可参考选用。
方中甘草、陈皮能调和胃肠，缓解胃火灼伤津液引发的便秘腹胀。长期胃热者可能出现肠燥便结，可搭配麻仁润肠丸。服药期间忌食辛辣油炸食品，避免加重胃肠负担。
体外研究表明黄连素对幽门螺杆菌有抑制作用，可能改善胃炎伴发的上腹痛。但需注意该药不能替代三联疗法，确诊感染应规范用药。类似功效药物包含枫蓼肠胃康颗粒、肠炎宁片等。
对于复发性口腔溃疡属胃火上攻者，可短期使用以促进创面愈合。若溃疡直径超过5毫米或持续两周未愈，需排查白塞病等全身性疾病。局部可配合冰硼散外用增强疗效。
服用清胃黄连丸期间应保持作息规律，避免熬夜加重内热。饮食宜选择绿豆汤、雪梨等凉性食物，忌羊肉、辣椒等助火之物。连续用药超过一周症状无改善或出现腹泻畏寒等不良反应时，应立即停药并咨询中医师调整方案。胃寒腹痛及孕妇慎用此药。
