紫草根具有凉血活血、清热解毒、透疹消斑等功效，主要用于治疗血热毒盛、斑疹紫黑、麻疹不透、疮疡湿疹等病症。紫草根的主要作用有抗炎抑菌、促进伤口愈合、调节免疫、保护肝脏、抗肿瘤等。
紫草根中的紫草素等活性成分对金黄色葡萄球菌、链球菌等常见致病菌具有抑制作用，能减轻皮肤炎症反应。临床常用于治疗湿疹、皮炎等皮肤感染性疾病，可配合氧化锌软膏或复方地塞米松乳膏外用。
紫草素能刺激成纤维细胞增殖，加速胶原蛋白合成，改善局部微循环。对于烫伤、溃疡等创面，可使用紫草油纱布外敷，或联合重组人表皮生长因子凝胶促进创面修复。
紫草多糖可通过激活巨噬细胞增强机体非特异性免疫功能，对反复呼吸道感染、过敏性紫癜等免疫相关疾病有辅助治疗作用。常与玉屏风颗粒等免疫调节剂联合使用。
紫草中的萘醌类成分能降低血清转氨酶水平，减轻肝细胞脂肪变性，对酒精性肝损伤、药物性肝损害具有保护效果。临床可配合水飞蓟素胶囊或复方甘草酸苷片使用。
紫草素可通过诱导肿瘤细胞凋亡、抑制血管生成等途径发挥抗肿瘤作用，对乳腺癌、肝癌等恶性肿瘤有一定辅助治疗效果。需在医生指导下与放化疗联合应用。
使用紫草根时应注意脾胃虚寒者慎用，孕妇禁用。外用可能出现皮肤过敏反应，需立即停用。建议在中医师指导下根据体质辨证使用，不可长期大量服用。日常可配合薏苡仁、赤小豆等利湿解毒食材调理，避免辛辣刺激饮食，保持规律作息以增强药效。
