因为羊膜穿刺术是一种可能对孕妇和胎儿有部分影响的手术，所以孕妇在进行羊膜穿刺术之前必须处于健康状态，不能有发烧、感冒和身体不适等症状。羊水穿刺有流产风险，概率约为1/200。接受羊膜穿刺术的病人可能会并发感染，但可能性相对较低。羊膜穿刺术后，患者可能会出现由于胎动、子宫收缩和阴道出血而导致的阴道分泌物症状。如果有不适，需要及时去看医生。
羊水穿刺是有可能损伤到胎儿的，这种几率是极低的。羊水穿刺是一种有创性的产前诊断，对胎儿有一定的损害风险。例如，羊膜穿刺术可能导致下腹痛、阴道出血、胎膜早破、流产和早产。对于位于前壁的胎盘病人，羊水穿刺针可能通过胎盘，甚至胎盘引起胎盘后血肿。
羊水穿刺是有损伤胎儿的可能的，当这种情况比较罕见。有一些羊水穿刺会导致羊水栓塞，危及母亲的生命。此外，一些羊水穿刺技术不熟练，不能很好地监测。如果进行羊膜穿刺术，羊膜穿刺术的针头可能会直接刺穿胎儿，造成胎儿损伤。无论如何，羊膜穿刺术都可能会造成胎儿损伤。
目前羊水穿刺还是比较安全的，只是由于个人操作不当的原因会引起腹部受创伤，而且还会疼痛，到时候也会有出血现象，不过出血量一般不多。做了羊水穿刺也有可能会导致胎儿受损伤，所以千万不要在24周之后做，这个时候羊水比较少，胎儿发生损伤的几率很高。
羊水穿刺对胎儿可能会出现损伤，特别是在羊水比较少的情况下。做羊水穿刺，如果不注意安全或者不消毒，孕妇容易出现感染，而且还会引起腹部疼痛，做完羊水穿刺之后也有可能会出血。但如果按照正规的要求来操作，一般是没什么影响的，羊水穿起来也比较安全。
