梅克尔憩室的治疗是通过手术切除进行的，首先可以进行楔形切除术，完全切除憩室后，缝合基底和剩余的患病组织或异位组织。此外可以进行回肠吻合钉吻合术，主要针对有症状的患者。由于病变会引起肥大，水肿，回肠壁坏死或基底出血或穿孔，因此需要将大部分回肠切除并吻合。对于憩室底部狭窄的患者，可以使用腹腔镜微创手术。
小儿梅克尔憩室是消化道相对常见的临床疾病。通常，许多患者无症状，一般无需进行治疗。对于有症状的默克尔憩室，通常采用手术切除，首先可以进行憩室的楔形切除。憩室完全清除后，还需要将基底及其余病灶或异位组织缝合。如果底部有出血或穿孔，则应先去除大部分回肠，然后再进行吻合。
