巧克力囊肿的患者可以怀孕,但是由于巧克力囊肿的异位病灶,对卵巢的破坏比较大,影响到卵巢的排卵,所以患者受孕比较困难。如果患者的症状比较轻微,有自然受孕的几率,一定要及早的受孕。如果试孕半年以上不能够正常的受孕,患者要根据彩超、CT以及妇科检查等各种情况,在排除其他原因导致的不能怀孕的情况下,选择进行手术或者药物治疗。如果患者选择手术治疗巧克力囊肿,一般术后要配合药物治疗3个月,治疗之后患者要尽早的怀孕。因为巧克力囊肿容易复发,而且反复的手术对卵巢的破坏比较大,不利于患者的受孕。如果经过治疗之后不能正常的受孕,建议患者可以选择辅助生殖技术。