有巧克力囊肿,是可以考虑手术治疗的,因为现在体积比较大,有可能会影响正常的排卵的,一般是会影响怀孕的。子宫内膜异位症的患者不孕的几率可以大百分只四十的,引起不孕的原因复杂,如盆腔微环境改变影响精卵结合及运送,免疫功能异常导致抗子宫内膜抗体增加而破坏子宫内膜正常代谢和生理功能,卵巢功能异常导致排卵障碍和黄体形成不良等,可以在医生的建议指导下进行超声监测排卵。指导同房,尽快受孕,怀孕后对于病情本身能够达到一定的治疗效果。可以考虑试孕,不会怀孕的几率会低一些,如果怀孕了,建议您多休息,避免妇产科急腹症的发生。必要时可以做手术治疗。