疱疹性脑炎一般是由病毒感染所引起的，患者与病毒携带者通过亲密接触，也可以通过唾液传播。HSV先在口腔和呼吸道或生殖器引发了原发感染，身体机能迅速产生特异性免疫力而康复，但是不能彻底的消灭病毒，病毒以一种潜伏状态长期存活体内，而不引起临床症状。疱疹病毒是一种嗜神经DNA病毒，分为Ⅰ、Ⅱ型，近90％是由Ⅰ型病毒引起，余为Ⅱ型所致，病毒先引起2～3周的口腔和呼吸道原发感染，然后沿三叉神经分支经轴突逆行至三叉神经节，在此潜伏。机体免疫力下降时，诱发病毒激活，病毒由嗅球和嗅束直接侵入脑叶，或口腔感染后病毒经三叉神经入脑而引起脑炎。
