第一，病因不同。肝囊肿多为先天胆管发育异常造成，小部分肝囊肿由创伤和炎症所致。肝脓肿主要是由细菌、真菌或者是溶组织阿米巴原虫等多种微生物引起的肝脏化脓性病变。第二，临床表现不同。肝囊肿主要表现为肝大、腹胀、腹部钝痛、腹部包块等。而肝脓肿主要表现为发热、肝区持续性疼痛、呼吸困难、腹泻等。第三，并发症不同。肝囊肿主要并发感染、出血、扭转等。肝脓肿主要是并发黄疸脓胸、胸膜炎等。第四，治疗不同。囊肿较小无症状，不需要治疗，定期随访。有压迫症状时选择囊肿开窗术引流切除、肝移植等。肝脓肿有针对性的应用抗生素、抗阿米巴及抗真菌药物治疗，必要时切开引流。
