三九灸的好处有调理亚健康、强身健体等，同时也可以治疗慢性疾病。
1、调理亚健康：如果伴有慢性疲劳综合征、失眠、神经衰弱、抑郁、焦虑、疲劳、头痛、颈肩腰背痛等，三九灸针对免疫力低下和亚健康的群体起到保健的效果。
2、强身健体：通过三九灸来提高身体抵抗寒冷的能力，可以缓解感冒、手脚冰凉等症状，与夏季的三伏贴可配合使用，三九灸是在每年冬天最冷的三九天使用。
3、治疗慢性疾病：主要治疗冬季常见的慢性病，如哮喘、支气管炎、过敏性鼻炎、胃炎、慢性结肠炎、胃肠道疾病、慢性肾炎、月经不调、颈肩腰腿痛、风湿、类风湿性关节炎等疾病，治疗效果比较好。
做完三九灸以后要做好身体保暖措施，出门时要及时增加衣服，避免受到凉风刺激导致机体出现不良反应。
