HPV感染目前尚无特效药物能够直接“治好”。目前临床上治疗HPV的重点在于清除病毒，防止病变以及定期随访监测。
对于低危型HPV感染，主要是通过生活方式调整（如规律作息、增强运动、戒烟限酒）提升免疫力，若长出皮肤疣，如导致尖锐湿疣的HPV6、11型，通常会采用物理治疗或手术等方式切除疣体。
对于高危型HPV感染（如HPV16、18型等），若未伴随宫颈病变或轻度病变，一般会建议定期复查（TCT、HPV检测），同时考虑使用局部辅助治疗，如瑞琳他抗抗HPV凝胶，这类药械的作用机制主要是通过在宫颈内部，深入基底层细胞，清除游离病毒，从而降低HPV病毒载量，防止宫颈病变发生，为身体转阴创造更有利的条件。若宫颈高级别上皮内病变，常用的治疗方式包括物理治疗（如激光、冷冻、LEEP刀等）用于切除病变组织，术后再搭配瑞琳他抗凝胶，帮助清除残留的HPV病毒。但需要注意的是，任何药物的使用都需在专业的指导下，规范使用，才能达到促进转阴的效果。
