小儿甲状腺功能低下的原因，有以下几个方面:第一个就是甲状腺先天性发育不良。甚至缺如。第二个就是甲状腺激素生成障碍转运障碍，甲状腺作用组织的相关受体功能缺陷。第三个就是暂时性的甲状腺功能低下。就是有的孩子有低体重，以及孩子母亲在妊娠期服用抗甲状腺药物的饮食因素。使得儿童甲状腺功能受到抑制了，然后引起的一过性的甲状腺功能低下。第四个方面主要是地方性的缺碘，就是由于地理环境导致的该地区的土壤和用水中的含碘量过少引起的。第五个方面主要是自身免疫性疾病，就是由于身体内产生甲状腺的抗体，从而出现甲状腺组织的破坏，进而导致甲状腺功能的低下。以上这几个原因都是诱发甲状腺功能低下的因素
