脑发育不良的严重程度因人而异，轻者可能仅表现为轻微学习障碍，重者可伴随智力低下、运动功能障碍或癫痫发作等。脑发育不良的预后与病因、损伤范围及干预时机密切相关，部分患儿通过早期康复训练可显著改善症状。
脑发育不良的临床表现差异较大。轻度患者可能仅存在注意力不集中、语言发育迟缓等表现，通过针对性教育训练和感觉统合治疗，部分功能可接近正常水平。中度患者常合并运动协调障碍、社交能力缺陷，需长期接受物理治疗、作业治疗及行为矫正。重度患者可能出现全身肌张力异常、无法独立进食或行走，甚至合并顽固性癫痫，这类患儿需要多学科联合管理，包括抗癫痫药物、矫形手术及全天候护理支持。
某些特殊类型的脑发育不良预后较差。如由遗传代谢病引起的脑损伤，随着病程进展可能导致多器官功能衰竭。宫内巨细胞病毒感染导致的脑发育畸形，往往伴随进行性听力视力丧失。对于存在严重脑结构异常如无脑回畸形的患儿，目前医疗手段改善有限，主要以症状控制和提高生存质量为主。
建议发现发育迟缓迹象时尽早就诊儿童神经科，通过头颅核磁、基因检测等手段明确病因。孕期做好风疹病毒、弓形虫等感染源筛查，新生儿期加强胆红素监测可预防部分获得性脑损伤。建立包含康复医师、特教老师的长期随访体系，有助于最大限度挖掘患儿潜能。
