疣的治疗以破坏为主，烧灼、冷冻、雷射都十分常用，足底疣则有人以百分之三的弗马林浸泡，效果不错，但容易过敏。若只求症状改善，则也可只用外用脱皮式腐蚀性药剂，如水杨酸、三氯乙酸等，如以切除处理，要特别小心，因不只留下疤痕，疣也可能在疤痕上復发。另外也可採用抗癌药外用５—ＦＵ或podophyllin〈化疣敌乳液〉或局部注射bleomycin。目前较新的疗法则是以干扰素〈ＩＮＦα〉注射或Aldara外用免疫增犟剂，诱发患者自体抵抗力，效果也十分显着。另一种方式则是用光动力疗法，涂抹5-ALA后照射。至于口服免疫增犟剂，如Levamisole、Cimetidine则多半只对小孩的病毒疣有效。小孩甲旁疣也可尝试防水贴布，每周替换(20000421)。在实证医学的研究中，对非生殖器病毒疣的治疗分析中，发现病毒疣3月的自行痊癒率在50-70％。而以水杨酸或乳酸外用治疗6到12周，73％会痊癒，不治疗则48％痊癒，显然效果较佳。也有报告以自制的cantharidin, 1％加podophyllotoxin, 5％及salicylic acid, 30％对足底疣的疗效。冷冻效果则副作用较大，2分钟比15秒有效(52％比 31％)，至于每2周或3周一次并无差异。如果合併治疗，则效果似乎好些。
