菊花茶一般可以泡1-2天饮用，超过3天不建议继续饮用。菊花茶反复冲泡或久置可能滋生微生物，导致茶汤变质。
菊花茶属于草本茶饮，其活性成分如黄酮类、挥发油等会随浸泡时间延长逐渐析出。新鲜冲泡的菊花茶色泽清亮、气味清香，此时饮用能较好保留其清热解毒、平肝明目的功效。若室温存放超过8小时或冷藏超过24小时，茶汤中的糖分和氨基酸可能成为细菌培养基，尤其夏季高温环境下更容易出现絮状沉淀或酸败气味。
隔夜菊花茶若出现颜色浑浊、气味异常或漂浮异物，说明已发生变质。即使外观无异常，久泡后茶多酚氧化产生的醌类物质可能刺激胃肠黏膜。部分人群饮用变质菊花茶后可能出现腹痛腹泻等不适症状。特殊情况下如需保存，应将茶汤过滤后密封冷藏，且再次饮用前需煮沸杀菌。
建议每次冲泡菊花茶用量以5-10朵为宜，使用80℃左右热水冲泡3-5分钟后及时饮用。体质虚寒者可搭配枸杞调节药性，过敏体质者初次饮用需观察是否出现皮疹等不良反应。日常保存菊花干品需密封避光，避免受潮霉变影响品质。
