热带口炎性腹泻的典型表现是大便颜色变浅、腹泻和体重下降，以及因维生素B2缺乏所引起的口舌溃疡。其他消化吸收不良的症状都可出现。凝血酶原是机体凝血机制的重要成分，缺乏时可使病人容易出现皮肤青紫斑或受伤后流血时间延长。此病患者还可出现白蛋白减少，钙、叶酸、维生素B12和铁的缺乏。典型的贫血是由于叶酸缺乏所致。
对居住在或曾经居住在本病流行区出现贫血和消化吸收不良的病人，应考虑热带口炎性腹泻的可能。小肠钡餐X线检查可以有，也可以没有异常发现。木糖吸收试验是简便易行的检查方法。90％的此病患者有木糖吸收异常。小肠活检能显示特征性的异常改变。
