黄芩对金黄色葡萄球菌、大肠杆菌、肺炎链球菌、痢疾杆菌等细菌具有抑制作用，其抗菌作用主要与黄芩素、汉黄芩苷等活性成分有关。
黄芩提取物可破坏金黄色葡萄球菌细胞膜结构，临床常配合抗生素用于皮肤感染治疗，相关药物包括黄芩苷片、双黄连口服液、银黄颗粒。
黄芩通过抑制大肠杆菌DNA旋转酶活性干扰其复制，对泌尿系统感染效果显著，可选用黄芩素胶囊、复方黄芩片、清热消炎宁胶囊。
黄芩中黄酮类物质能阻断肺炎链球菌生物被膜形成，适用于呼吸道感染辅助治疗，常见剂型有黄芩油膏、清开灵注射液、蓝芩口服液。
黄芩煎剂可降低痢疾杆菌内毒素活性，在肠道感染中常与黄连配伍使用，代表药物包含葛根芩连丸、肠炎宁片、香连丸。
使用黄芩制剂需遵医嘱，避免与寒凉食物同服，过敏体质者用药前应进行皮试。细菌感染严重时须结合病原学检查选择敏感抗生素联合治疗。
