海鲜中可能含有病菌，但经过充分加热后通常可以安全食用。海鲜可能携带副溶血性弧菌、诺如病毒、沙门氏菌等病原体，也可能存在寄生虫。
新鲜且储存得当的海鲜在高温烹煮后病菌会被有效杀灭。常见的清蒸、爆炒、油炸等烹饪方式均能达到灭菌效果，中心温度超过70摄氏度并持续一段时间即可确保安全。购买时选择正规渠道的海产品，观察其色泽、气味是否正常，避免选购死亡时间过长的贝类或破损的甲壳类海鲜。处理生海鲜时需使用专用刀具和砧板，避免交叉污染。
部分生食海鲜如刺身、醉虾等存在较高风险，孕妇、儿童、老年人及免疫力低下人群应避免食用。海水养殖区域若受污染，海鲜可能蓄积霍乱弧菌等致病菌，食用前须彻底加热。未充分加热的牡蛎、贻贝等滤食性贝类容易富集水体中的病原微生物，需特别注意烹饪时长。
建议食用海鲜后出现腹痛、腹泻、呕吐等症状及时就医。日常处理海鲜时应佩戴手套，烹饪前后用肥皂彻底洗手，剩余海鲜需冷藏并在24小时内食用完毕。过敏体质人群首次尝试新品种海鲜需谨慎，可先少量试食观察反应。
