飞秒激光手术可能出现的后遗症主要有干眼症、眩光或光晕、角膜瓣移位、夜间视力下降等。多数症状会随时间缓解，少数需医疗干预。
1、干眼症术后泪液分泌减少导致眼干涩，可能与角膜神经暂时损伤有关。可使用人工泪液缓解，严重时需用环孢素滴眼液或自体血清滴眼液。
2、眩光或光晕夜间视物出现光晕现象，多因角膜切削区与未切削区交界处光线散射。通常3-6个月自行改善，顽固病例可考虑二次增效手术。
3、角膜瓣移位外力撞击可能导致角膜瓣移位，表现为视力突然模糊。需立即就医复位，必要时使用绷带式角膜接触镜固定。
4、夜间视力下降暗环境下对比敏感度降低，与瞳孔直径大于治疗光区有关。术前精确测量暗瞳直径可降低风险，症状明显者可选用溴莫尼定滴眼液。
术后遵医嘱使用抗生素滴眼液预防感染，避免揉眼和游泳，定期复查角膜愈合情况。多数后遗症在术后6-12个月逐渐消失。
