咳嗽糖浆一般建议在饭后服用，可以减少对胃肠道的刺激。部分特殊成分的咳嗽糖浆可能需要空腹服用以增强药效。
饭后服用咳嗽糖浆能降低药物对胃黏膜的直接刺激，尤其适合含有右美沙芬、愈创甘油醚等成分的制剂。食物可延缓药物吸收速度，使止咳成分更平缓地发挥作用，同时避免空腹时可能出现的恶心、胃部不适等不良反应。多数复方止咳糖浆中的祛痰成分如氨溴索，与食物同服时吸收率不受影响。
少数含中枢性镇咳药如可待因的糖浆，可能需要空腹服用以保证快速起效，这类药物通常用于夜间剧烈干咳。某些中药止咳糖浆若含有挥发性成分，说明书可能建议餐前服用以保持药效。具体服用时间需严格参照药品说明书标注的"饭前"或"饭后"指示，不同品牌配方存在差异。
服用咳嗽糖浆期间应避免同时饮用含咖啡因或酒精的饮料，用温水送服可帮助稀释痰液。如服药3天后症状未缓解，或出现皮疹、呼吸困难等不良反应，应立即停药就医。儿童使用前家长需仔细阅读说明书，按体重准确量取剂量，避免与牛奶同服影响吸收。
