果汁通常保留了水果中的部分维生素、矿物质、膳食纤维以及植物化学物质，但加工方式会影响营养物质的保留程度。
果汁中保留较多的是水溶性维生素，如维生素C和B族维生素。橙汁、柠檬汁等柑橘类果汁富含维生素C，苹果汁和葡萄汁含有一定量的维生素B1和B6。但长时间暴露于空气或高温加工可能导致维生素C氧化损失。
钾、镁等矿物质在果汁中保留较完整，因为这些无机物对加工过程不敏感。橙汁和番茄汁是良好的钾来源，而香蕉汁则含有较多镁元素。矿物质在压榨过程中会从果肉溶解到果汁中。
澄清果汁几乎不含膳食纤维，而带果肉的浑浊果汁可能保留少量不溶性纤维。苹果、梨等水果榨汁时若保留果肉，可提供促进胃肠蠕动的纤维素，但含量远低于完整水果。
果汁中含有类黄酮、花青素等抗氧化成分。蓝莓汁和石榴汁富含花青素，橙汁含橙皮苷等类黄酮物质。这些活性成分具有抗氧化作用，但部分多酚类物质会因氧化或热处理而降解。
果汁浓缩了水果中的天然糖分如果糖和葡萄糖。一个橙子的糖分分散在果肉中，而一杯橙汁相当于多个橙子的糖分集中摄入。这可能导致血糖快速升高，糖尿病患者需注意控制饮用量。
选择新鲜压榨、未经长时间储存的果汁能最大限度保留营养。自制果汁时建议连果肉一起饮用，并尽快喝完以减少氧化损失。市售果汁可能添加糖分或经过巴氏杀菌导致部分营养素破坏，阅读标签选择无添加产品更健康。日常饮食中仍应以完整水果为主，果汁作为补充即可，不可完全替代水果摄入。
