果皮中富含膳食纤维、抗氧化物质和微量营养素，适量食用有助于促进消化、延缓衰老和补充营养。果皮的好处主要有保留更多膳食纤维、提供植物化学物质、减少营养流失、辅助调节血糖、降低部分农药残留风险。
果皮是水果中膳食纤维的主要来源之一，尤其是不可溶性膳食纤维含量较高。苹果皮、梨皮等常见水果外皮中的膳食纤维能增加粪便体积，刺激肠道蠕动，帮助预防和缓解便秘。膳食纤维还能在肠道内形成凝胶状物质，延缓糖分吸收速度，对维持肠道菌群平衡具有积极作用。
多数水果表皮含有丰富的多酚类、黄酮类等植物化学物质，如苹果皮中的槲皮素、葡萄皮中的白藜芦醇。这些成分具有抗氧化特性，能清除体内过量自由基，减少氧化应激对细胞的损伤。部分研究显示，柑橘类果皮中的橙皮苷等成分还可能有助于改善微循环。
水果靠近表皮的果肉层往往集中了更高浓度的维生素和矿物质。例如苹果皮中的维生素C含量是果肉的2-3倍，黄瓜皮含有大部分硅元素。去皮食用会导致这些水溶性成分在清洗和处理过程中更容易流失，保留果皮能更完整获取水果的营养价值。
部分水果皮中的活性成分可能影响糖代谢。研究表明，番石榴皮提取物中的多酚类物质能抑制α-葡萄糖苷酶活性，延缓碳水化合物分解为单糖的过程。芒果皮中的芒果苷成分也被发现具有潜在的改善胰岛素敏感性作用，但需注意这些效果需在整体饮食控制基础上实现。
正确清洗后的果皮反而可能减少部分农药摄入。流水冲洗配合短时间浸泡能去除表面大部分接触性农药，而去皮过程中刀具可能将表皮残留物带到果肉。对于蜡质层较厚的水果如苹果，用软刷清洁后带皮食用比去皮更利于控制农残，但有机磷类农药污染严重时仍需去皮。
食用果皮前需用流动清水反复冲洗，硬质水果可用软毛刷轻刷表面。柑橘类、香蕉等纤维粗硬或含刺激性精油的水果建议去皮。存在消化系统疾病或果皮过敏者应避免食用。儿童老人建议将果皮切碎或烹饪软化，农药污染风险高的水果可选择有机产品或严格去皮。日常可交替采用带皮与去皮食用方式，平衡营养摄入与安全风险。
