发芽的大蒜籽一般可以食用，但口感和营养价值会有所下降。发芽大蒜籽不会产生有毒物质，但可能因水分流失导致辛辣味减弱。
大蒜籽发芽后仍含有大蒜素、硒等活性成分，具有抗氧化、抗菌作用。发芽过程中部分糖类转化为新芽生长所需物质，导致蒜瓣干瘪，但不会产生龙葵碱等毒素。短芽阶段可直接切碎用于烹饪，其蒜香味仍可用于调味。若蒜瓣未霉变腐烂，发芽长度在1厘米以内时，对健康人群无明显危害。
当大蒜籽发芽超过2厘米或伴有霉斑、软烂时，建议丢弃。长期储存的大蒜籽因营养消耗可能出现纤维化，口感粗糙。储存不当导致霉变的大蒜籽可能滋生黄曲霉菌，产生致癌物质。部分胃肠敏感者食用发芽大蒜可能刺激黏膜，出现腹胀不适。
建议将大蒜储存在阴凉通风处延缓发芽，已发芽的大蒜可水培作为蒜苗食用。若发现蒜瓣发黑变软或散发异味，应立即停止食用。消化系统疾病患者应谨慎食用生蒜，烹饪后食用可降低刺激性。
