花椒具有温中止痛、杀虫止痒、促进消化等功效，主要用于缓解胃寒腹痛、蛔虫症、皮肤瘙痒等症状，也可作为调味品增进食欲。
花椒性温，能散寒止痛，适用于胃寒引起的腹部冷痛、呕吐泄泻。可配伍干姜、高良姜等药材增强效果，常见制剂有花椒颗粒、复方花椒酊。
花椒所含挥发油对蛔虫有麻痹作用，可治疗蛔虫性腹痛；外用煎汤熏洗能缓解湿疹瘙痒，临床常用花椒油软膏、复方花椒洗剂。
花椒可刺激唾液和胃液分泌，帮助消化积食，改善食欲不振。常与山楂、神曲配伍，如保和丸、健胃消食片等含花椒成分的中成药。
花椒中的山椒酰胺具有轻微局部麻醉作用，牙科可用花椒水含漱缓解牙痛，或与细辛制成牙痛药粉外用。
花椒作为药食同源食材，日常烹饪可少量添加，但阴虚火旺者慎用；药用需遵医嘱，避免与镇静类药物同服。皮肤敏感者外用前应做过敏测试。
