琥乙红霉素的副作用多数较轻微，常见胃肠道反应如恶心、腹泻，偶见皮疹或肝功能异常，严重过敏反应罕见。
琥乙红霉素可能刺激胃肠黏膜，引发恶心、呕吐或腹泻，建议餐后服药减轻不适，出现持续症状需就医调整用药。
少数患者可能出现皮疹、瘙痒等过敏表现，严重时可发生血管神经性水肿，需立即停药并接受抗过敏治疗。
长期使用可能引起转氨酶升高，表现为乏力、食欲减退，用药期间建议定期监测肝功能，必要时联用护肝药物。
大剂量静脉给药可能损伤听神经，导致耳鸣或听力下降，口服制剂极少发生，肾功能不全者需谨慎使用。
用药期间避免与特非那定等心脏毒性药物联用，出现肌肉无力或心悸等罕见副作用时应及时停药并就医评估。
