巧克力囊肿可以通过药物控制、手术治疗等方式改善，多数患者预后良好。巧克力囊肿的治疗方法主要有药物治疗、腹腔镜手术、开腹手术、辅助生殖技术。
1、药物治疗：使用激素类药物抑制卵巢功能，减少囊肿复发，常用药物包括孕三烯酮、达那唑、促性腺激素释放激素激动剂。
2、腹腔镜手术：通过微创方式剥离或切除囊肿，保留正常卵巢组织，适合有生育需求或囊肿较大的患者。
3、开腹手术：适用于囊肿巨大、粘连严重或疑似恶变的情况，手术范围可能涉及卵巢部分切除或全子宫切除。
4、辅助生殖：对于合并不孕的患者，在手术后可采用试管婴儿等辅助生殖技术提高妊娠成功率。
建议定期复查超声监测囊肿变化，术后患者可适当补充优质蛋白和铁剂，避免剧烈运动防止囊肿破裂。
