自制蜂蜜柠檬在冰箱冷藏条件下通常可保存7-10天，实际保存时间受到密封性、原料新鲜度、操作卫生程度、储存温度等多种因素的影响。
1. 密封性使用完全密封的玻璃容器可减少空气接触，避免微生物污染。若容器密封不良，保存时间可能缩短至3-5天。
2. 原料新鲜度选用表皮完整无破损的柠檬和未结晶的纯蜂蜜能延长保存期。已开始变质的原料会加速整体腐败。
3. 操作卫生制作过程中刀具、砧板及双手需充分清洁消毒。混入杂菌会导致发酵变质，保存时间可能减半。
4. 储存温度持续4℃以下冷藏可最大限度抑制细菌繁殖。若储存温度波动超过8℃，建议3天内食用完毕。
建议每次取用时使用干净餐具，观察是否出现气泡、异味或霉变，出现异常应立即丢弃。可考虑分装小份冷冻保存以延长保质期。
