黄豆不建议一次吃太多，过量食用可能引起胃肠不适。黄豆富含优质蛋白和膳食纤维，但需控制摄入量。
黄豆含有大量低聚糖和膳食纤维，过量摄入可能导致腹胀、排气增多等消化不良症状。胃肠功能较弱的人群更容易出现此类反应。黄豆中的胰蛋白酶抑制剂会影响蛋白质消化吸收，未经充分加热处理的黄豆还可能引发轻微中毒。健康成人每日建议摄入干黄豆30-50克，相当于水发黄豆100-150克。烹饪时充分煮沸20分钟以上可破坏抗营养因子。将黄豆与谷物搭配食用能提高蛋白质利用率，如黄豆与大米按1:3比例混合。
黄豆过敏者应避免食用，可能出现皮肤瘙痒或呼吸道症状。痛风患者需限制黄豆制品摄入，因其嘌呤含量较高。甲状腺功能异常者不宜大量食用，黄豆中的异黄酮可能干扰甲状腺激素合成。生长发育期儿童每日黄豆摄入量应减半，老年人建议选择易消化的豆腐、豆浆等加工品。长期过量食用黄豆制品可能影响矿物质吸收，建议搭配维生素C丰富的蔬菜水果。
