番茄烹饪时间过长可能导致部分营养素流失，但不会产生有害物质。长时间高温加热会破坏番茄中的维生素C和部分抗氧化物质，同时可能影响口感。
番茄中的维生素C对热敏感，持续高温烹饪超过15分钟后，其含量会明显下降。番茄红素作为脂溶性抗氧化成分，虽在适度加热后生物利用度提高，但过度加热可能导致部分结构破坏。烹饪时间超过30分钟时，番茄细胞壁过度分解，果肉会变得过于软烂，失去鲜嫩口感。采用炖煮方式时，水分蒸发过多会使番茄菜肴质地变得干柴，酸甜风味物质也容易挥发。家庭烹饪时若使用铁锅长时间熬制，酸性环境可能使少量铁离子溶出，虽不影响安全但可能改变汤色。
建议控制番茄加热时间在10-20分钟，快炒或短时间焖煮能更好保留营养。生吃番茄可获取完整维生素C，轻微加热有助于番茄红素吸收。搭配少量油脂烹调能提高脂溶性营养素利用率，避免与铝制厨具长时间接触。选择成熟度适中的番茄进行烹饪，过度成熟的果实经长时间加热更容易质地变差。根据菜肴需求调整烹饪方式，做汤时后期加入番茄块，炒制时最后放入番茄片，都能减少高温暴露时间。
