豆腐乳主要含有优质蛋白、B族维生素、钙、异黄酮及益生菌等营养成分。
豆腐乳由大豆发酵制成，大豆中的植物蛋白经过微生物分解后更易被人体吸收。每100克豆腐乳约含10-12克蛋白质，包含人体所需的多种必需氨基酸，可作为素食者补充蛋白质的来源。发酵过程产生的肽类物质还可能具有调节血压的功能。
发酵过程中微生物合成大量B族维生素，尤其是维生素B12含量显著提高，对素食者预防贫血有重要意义。同时含有较多维生素B2和烟酸，参与能量代谢和神经系统功能维护。部分菌种发酵产生的维生素B12活性形式更利于人体利用。
制作过程中添加的钙盐使豆腐乳钙含量达到每100克约60-80毫克，相当于牛奶钙含量的三分之一。钙质以结合态存在，与大豆中的植酸被分解后形成的可溶性钙比例增加，生物利用度有所提升，对骨骼健康有积极作用。
发酵使大豆中原有的异黄酮糖苷转化为活性更高的苷元形式，如染料木素和大豆黄素。这些植物雌激素具有抗氧化特性，可能对缓解更年期症状和心血管保护产生潜在益处。发酵产物的异黄酮吸收率比未发酵豆制品提高数倍。
传统自然发酵的豆腐乳含有活性乳酸菌和霉菌，如毛霉、根霉等，能调节肠道菌群平衡。这些微生物产生的蛋白酶、脂肪酶可帮助消化，其代谢产物中的短链脂肪酸对肠道黏膜有保护作用。但市售产品可能因灭菌处理不含活菌。
豆腐乳虽营养丰富，但含盐量较高，每100克钠含量可超过1000毫克，高血压患者应控制食用量。建议选择低盐产品，搭配主食食用更健康，发酵过程中可能产生微量生物胺，过敏体质者需谨慎。日常可将其作为调味品少量使用，避免替代新鲜豆制品摄入后注意多饮水促进钠排泄。
