电子气管镜检查通常会有一定不适感，但多数患者可以耐受。检查过程中可能出现咽喉异物感、咳嗽或短暂憋气，医生会通过局部麻醉减轻不适。
电子气管镜检查前会使用利多卡因等表面麻醉剂喷洒咽喉部，降低检查时对声门和气管的刺激反应。检查中镜体通过声门时可能引发反射性咳嗽，但持续时间较短。部分敏感人群可能出现轻微胸骨后闷胀感，与气管黏膜受机械刺激有关。检查后1-2小时咽喉麻木感会逐渐消退，期间需禁食禁水防止误吸。现代电子支气管镜管径较细且可弯曲，大幅减少了传统硬镜带来的组织损伤风险。
少数气道高反应性患者可能出现较明显的支气管痉挛，表现为呼吸困难或喘息，此时医生会立即停止操作并给予解痉药物。长期服用抗凝药物者存在黏膜出血风险，需提前评估凝血功能。严重心肺功能不全患者可能无法耐受检查过程中的血氧波动，需在监护下进行。儿童或精神紧张者配合度较低，可考虑静脉镇静辅助。
检查后24小时内避免剧烈运动，出现持续胸痛、咯血或发热需及时就医。建议检查前4小时禁食，穿着宽松衣物，有假牙者需提前取出。哮喘患者可预先吸入支气管扩张剂，慢性阻塞性肺疾病患者需携带日常用药。检查后咽喉不适可含服润喉片，避免用力咳嗽以防黏膜损伤。
