大蒜具有一定的抗菌效果，其活性成分大蒜素对多种细菌、真菌和病毒有抑制作用。大蒜的抗菌作用主要与含硫化合物有关，可通过破坏微生物细胞膜、抑制酶活性等方式发挥作用。
大蒜中的大蒜素由蒜氨酸酶分解蒜氨酸产生，对金黄色葡萄球菌、大肠杆菌等常见致病菌有显著抑制效果。体外实验显示，大蒜提取物能干扰细菌生物膜形成，降低细菌耐药性。对白色念珠菌等真菌也有抑制作用，可能通过影响真菌细胞壁合成实现。大蒜的挥发性成分对流感病毒、疱疹病毒等包膜病毒具有灭活作用，但对抗病毒效果弱于抗菌作用。
大蒜的抗菌效果受制备方式影响较大。新鲜大蒜经粉碎或咀嚼后释放的活性成分浓度最高，煮熟后抗菌活性会明显下降。大蒜素在酸性环境中稳定性较好，但遇热易分解。临床应用中，大蒜对幽门螺杆菌感染、口腔致病菌等有一定辅助治疗效果，但单用大蒜难以达到彻底杀菌目的，通常需要与抗生素联合使用。
日常饮食中适量食用大蒜有助于维持口腔和肠道菌群平衡，但不可替代药物治疗。胃肠敏感者空腹食用可能刺激黏膜，建议搭配主食摄入。使用大蒜制剂时应避免与抗凝血药物同服，手术前需停用。出现持续感染症状仍需及时就医，在医生指导下规范使用抗菌药物。
