吃黑木耳不能治疗结石，但适量食用可能有助于预防部分类型的结石形成。黑木耳含有膳食纤维和植物胶质，可能对泌尿系统结石或胆结石的预防有一定辅助作用。
黑木耳中的膳食纤维能与肠道内的胆固醇结合，减少胆固醇吸收，从而降低胆汁中胆固醇浓度，对预防胆固醇性胆结石形成可能有一定帮助。其含有的植物胶质可吸附肠道内部分矿物质，减少草酸盐等结石成分的吸收。但黑木耳并不能溶解已形成的结石，也无法改变结石的核心形成机制。对于泌尿系统结石患者，黑木耳中的多糖成分可能通过调节尿液酸碱度产生微弱影响，但缺乏足够临床证据支持其治疗作用。
已确诊结石的患者需明确，黑木耳无法替代医疗干预。直径超过5毫米的泌尿系统结石可能引发肾绞痛或尿路梗阻，需通过体外冲击波碎石术或输尿管镜取石。胆结石若诱发胆囊炎或胆管堵塞，可能需行腹腔镜胆囊切除术。结石成分分析显示，尿酸结石需碱化尿液，草酸钙结石需控制高草酸饮食，这些针对性治疗措施远优于食物调理。黑木耳作为普通食材，其矿物质吸附作用有限，过量食用反而可能加重胃肠负担。
日常饮食中可将黑木耳作为搭配食材，每周食用2-3次，每次10-15克干品为宜。结石患者应保持每日2000-3000毫升饮水量，限制高嘌呤、高草酸食物摄入。出现腰痛、血尿、黄疸等症状时须及时就医，通过B超或CT明确结石位置与大小，遵医嘱选择药物排石或手术治疗。术后患者可适当食用黑木耳帮助胃肠蠕动，但需注意其粗纤维特性，消化功能较弱者应控制摄入量并充分烹煮软化。
