消化道疾病是口臭的主要原因，凡是引起肠道内容物潴留的疾病都会因气味反流引起口臭。消化道狭窄的疾病，如先天性食管狭窄、食管失弛缓症、胃扭转、十二指肠梗塞、肠梗阻等，因食物、分泌物潴留、发酵，加上腐败菌的作用，会引发口臭；消化道炎症，如食管炎、慢性胃炎、慢性肠炎、溃疡性结肠炎等，消化道动力障碍，肠道内容物潴留、反流而易出现口臭；便秘的病人，因粪便中有粪臭素、氨气、硫化氢等物，也可因气味反流到口腔，发生口臭。另外，消化道肿瘤，如食管癌、胃癌、肠癌等，因占位病变，影响排空，发生内容物潴留，都会出现口腔异味
