中医认为木瓜具有舒筋活络、和胃化湿、消食驱虫、润肺止咳等功效，适用于风湿痹痛、脚气水肿、消化不良、蛔虫腹痛及肺燥咳嗽等症状。
1. 舒筋活络木瓜中的木瓜蛋白酶能缓解肌肉痉挛，改善风湿性关节炎引起的关节肿痛，常与牛膝、威灵仙等配伍使用。
2. 和胃化湿所含有机酸成分可促进胃液分泌，对湿阻中焦导致的脘腹胀满、食欲不振有效，多与厚朴、陈皮同用。
3. 消食驱虫木瓜碱对绦虫、蛔虫有麻痹作用，配合槟榔可增强驱虫效果，其纤维素还能促进胃肠蠕动改善食积。
4. 润肺止咳维生素C和黏液质能缓解肺热燥咳，常与杏仁、桑白皮配伍用于干咳少痰症状。
新鲜木瓜可作水果食用，药用多采用宣木瓜制品，脾胃虚寒者应控制摄入量，出现过敏反应需立即停用。
