无痛肠镜使用的麻醉药物可能引起头晕、恶心、短暂记忆障碍等副作用，但通常会在短时间内自行缓解。麻醉副作用主要与个体差异、药物代谢速度等因素有关，严重过敏反应或呼吸抑制等情况较为罕见。
多数患者在麻醉苏醒后可能出现轻微头晕或乏力感，这与麻醉药物抑制中枢神经系统的残留效应有关。术后2-4小时内建议保持卧位休息，避免突然改变体位导致体位性低血压。部分患者会经历咽喉不适或干呕，源于气管插管对黏膜的机械刺激，饮用少量温水可缓解。短时记忆模糊常见于老年群体，通常在6-8小时内恢复，无须特殊处理。麻醉药物代谢过程中可能产生轻度的胃肠道反应，表现为食欲减退或腹部隐痛，24小时内会逐渐消失。
极少数情况下可能出现药物过敏反应，表现为皮肤红斑、瘙痒或呼吸困难，需立即通知医护人员处理。患有严重心肺疾病者可能出现血氧饱和度下降，术中需持续监测生命体征。某些代谢异常患者可能发生苏醒延迟现象，这与肝脏转化麻醉药物的能力下降有关。有报道显示，既往有中枢神经系统疾病史者可能出现谵妄或定向力障碍，但多为一过性表现。全麻药物对孕妇胎儿的影响尚无明确证据，但妊娠期女性通常建议推迟择期检查。
检查后24小时内避免驾驶或操作精密仪器，防止残留药物影响判断力。术后两小时可先尝试饮用清水，确认无呕吐反应后再进食流质。建议家属陪同返家并观察夜间呼吸状况，睡眠时保持侧卧位更安全。若出现持续呕吐、意识模糊或皮疹扩散等情况，需立即返院处理。日常应主动告知麻醉师药物过敏史和慢性病史，有助于调整用药方案降低风险。
