目前对此病发病的机理有多种说法，其中被普遍认可的是子宫内膜种植学说。此外，子宫内膜异位症的发生还与机体的免疫功能、遗传因素、环境因素有关。经血逆流，内膜种植。月经期，经血从宫口、阴道排出人体外是顺流而下，但是有小部分经血或因其他原因夹杂着脱落的子宫内膜碎片，由输卵管道流进入腹腔，种植在盆腔脏器的表层形成子宫内膜异位病灶，这是主要原因。浆膜上皮，化生内膜。人体在胚胎发育时期，卵巢表面上皮、腹膜、阴道直肠膈、脐部均由体腔上皮化生而来，这些组织在性腺激素、炎症、机械因素的刺激下能够转化，形成另一种组织，同样可以化生为子宫内膜，因为不在宫腔，就成了异位的内膜。
血液淋巴，良性转移。这是一种较为罕见的发病原因。出现在肺部、脑膜、心包、四肢及其他远端的子宫内膜异位症，是通过血液循环或淋巴系统将子宫内膜碎屑转移停留在某脏器或组织上而发病。异位的子宫内膜，无论来源如何，其生长变化均与卵巢内分泌有关，雌激素能促进生长，孕激素能使其抑制，临床发现大多数患者，孕激素缺乏，因此助长了本病的发生发展。假孕疗法 是用强力的孕激素避孕药物，以更大的剂量不间断地长期服用，使得月经停止来潮，子宫内膜及异位的子宫内膜在药物作用下发生类似妊娠的反应，所以又叫假孕疗法。用于这种疗法的药物很多，并且还在发展，口服的主要有安宫黄体酮、普维拉、内美通等，肌注的有己酸孕酮。这种疗法至少要持续六个月，才可以使异位内膜停止活动，最后发生萎缩，从而产生疗效。
