普通肠镜检查时切除息肉一般不会产生明显疼痛，但可能伴随轻微不适。肠镜切除息肉通常在麻醉或镇静状态下进行，操作过程中患者多数仅感受到腹胀或牵拉感。
肠镜检查前会使用局部麻醉药物或静脉镇静剂，帮助减轻操作时的不适感。肠镜通过肛门进入肠道时可能引发短暂胀气感，类似轻微腹痛。切除息肉时采用电切或冷切除技术，操作时间较短，多数患者仅感受到器械在肠道内的移动感。肠道神经对切割不敏感，且医生会通过注气扩张肠腔减少接触摩擦。术后可能有短暂腹部隐痛，与肠道充气或黏膜轻微损伤有关，通常1-2小时内自行缓解。
少数对疼痛特别敏感的患者，或息肉位于肠道弯曲部位时，可能感受到较明显的牵拉痛。直径超过2厘米的广基息肉切除时，因操作时间延长可能导致不适感加重。既往有腹部手术史导致肠粘连的患者，肠镜通过粘连部位时也可能产生疼痛。这些情况医生会提前评估，必要时调整麻醉方案。
检查后2小时内避免进食，待麻醉完全消退后再饮用温水。当日饮食以流质或半流质为主，避免辛辣刺激及产气食物。术后3天内禁止剧烈运动，观察是否有持续腹痛或便血情况。切除较大息肉后需遵医嘱服用黏膜保护剂如复方谷氨酰胺肠溶胶囊，促进创面愈合。两周内避免乘坐飞机或潜水，防止肠腔积气引发并发症。
