肝囊肿通常无须特殊治疗，体积较小且无症状者可定期观察，体积较大或引发症状时需考虑穿刺抽液、硬化治疗或手术切除。肝囊肿的处理方式主要有定期复查、超声引导穿刺、腹腔镜手术、开腹手术、中医调理。
直径小于5厘米且无压迫症状的肝囊肿建议每6-12个月进行超声检查。单纯性肝囊肿生长缓慢，观察期间需注意是否出现右上腹隐痛、餐后饱胀等不适。复查时应对比囊肿大小、囊壁厚度及内部回声变化，避免漏诊囊腺瘤等罕见病变。
适用于5-10厘米的单发囊肿，在局部麻醉下用细针抽出囊液后注入无水乙醇。该方法创伤小但存在复发可能，术后需卧床6小时观察血压变化。禁忌证包括凝血功能障碍、囊肿与胆管相通等情况。
对反复增大的囊肿或合并感染者可实施腹腔镜去顶术，通过腹部3-4个小孔完成囊壁切除。手术时间约1-2小时，术后3天可恢复饮食。该方法能有效降低复发率，但需全身麻醉，不适用于心肺功能不全者。
巨大囊肿或多囊肝患者可能需要传统开腹手术，完整切除囊肿并行肝部分切除术。手术切口约10-15厘米，术后需留置引流管2-3天。该方式适用于囊肿压迫重要血管或疑似恶变的情况。
中医认为肝囊肿与气滞血瘀有关，可配合柴胡疏肝散等方剂改善体质。针灸选取期门、肝俞等穴位调节肝胆功能，但需与西医治疗同步进行。中药治疗周期较长，不能替代对囊肿的医学干预。
肝囊肿患者日常应避免腹部撞击，饮食以低脂高蛋白为主，限制动物内脏摄入。每半年检查肝功能与肿瘤标志物，出现发热、黄疸或剧烈腹痛需立即就诊。合并多囊肾者需同时监测肾功能，遗传性多囊肝患者应进行家族筛查。保持规律作息与适度运动有助于延缓囊肿进展，但应避免举重等增加腹压的活动。
