由于小儿各个器官尚未发育成熟，机体免疫低，从而导致易受病菌侵袭。扁桃体是呼吸道的门户，口鼻的细菌，病毒最选侵犯它。扁桃体窝最易积存细菌和代谢产物，是藏污纳垢的场所，只要湿度和温度适宜，容易被感染。扁桃体小窝小皮稀疏，其间质常可见淋巴细胞和其它游走细胞，形成了“小窝上皮细网化”，而成为机体与病原体和毒素斗争的场所。
扁桃体上有许多较深的小窝，如果患了扁桃体炎，病原体隐藏较深，极容易形成病灶，无论是口服用药，还是静脉给药，作用不直接，把病灶不能彻底清除。再加之小儿免疫系统尚不健全，因此，易受病原体的反复侵袭而反复发作。扁桃体炎的发作与季节也有着密切的关系。如秋冬换季时节，气温变化较大，儿童极易患上感冒，从而诱发急性扁桃体炎的发作。
