多数根尖周脓肿无须手术治疗，可通过根管治疗、药物治疗、切开引流、拔牙等方式处理。根尖周脓肿的治疗方式主要有感染程度、牙齿保留价值、患者全身状况、对治疗的反应等因素决定。
早期局限性脓肿首选清除感染源，通过根管预备清除坏死牙髓，配合氢氧化钙等根管消毒药物控制感染，多数病例可避免手术。
急性期伴全身症状需联合抗生素如阿莫西林、甲硝唑、头孢克肟，配合布洛芬等非甾体抗炎药缓解肿痛，药物治疗适用于无法立即进行侵入性操作的情况。
脓肿形成波动感时需行切开排脓，建立引流通道，可能与根尖区骨皮质破坏有关，常伴局部跳痛和牙龈肿胀，该操作可在门诊局部麻醉下完成。
严重牙体缺损或根折等无法保留的患牙需拔除，可能与长期慢性炎症导致广泛骨吸收有关，表现为患牙明显松动，拔牙后需评估骨缺损情况。
治疗期间避免患侧咀嚼过硬食物，保持口腔卫生，定期复查评估愈合情况，出现发热或肿胀加重需及时复诊。
